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ヒトパピローマウイルスは、環状構造の二本鎖DNAウイルスです。
現在では、100種類以上の型が報告されています。
正20面体のカプシドで覆われており、遺伝子サイズは種類により異なるものの、だいたい約8000塩基ほどで、8から9のオープンリーディングフレームを含んでいます。

欧米の子宮頸癌でよく発見される16型HPVの場合、初期遺伝子(E1,E2,E4,E5,E6,E7) と、後期遺伝子(L1とL2)というORFを持っています。
なかでもE6とE7が発癌に関与していると考えられています。

E6はがん抑制遺伝子であるp53と結合し分解することで発癌に寄与しています。それ以外にも、hTERTの再活性化やPDZドメインを持つたんぱく質を分解することで発癌に寄与しています。

E7はp53と同様がん抑制遺伝子であるpRbと結合、分解・不活化することでpRbと結合している転写因子であるE2Fを遊離し活性化することで発がんに寄与しています。
E7は、cdkインヒビターであるp21、p27と相互作用することで発癌に寄与しています。
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